首先，舒肝和胃丸和舒肝健胃丸在组成上有所不同。两药都含有柴胡、香附、白芍、陈皮、槟榔，而舒肝和胃丸方中又加入了佛手、木香、白术、郁金、藿香、莱菔子、甘草、乌药，舒肝健胃丸加入了香橼、厚朴、青皮、檀香、豆蔻、枳壳、鸡内金、牵牛子、延胡索、五灵脂。
其次，在功效与主治方面。舒肝和胃丸和舒肝健胃丸都可以疏肝解郁、和胃止痛、消积，用于治疗肝胃不和导致的胃痛、胁肋胀满、腹胀、食欲不振、呕吐、大便失调等。但两药治疗的侧重点存在差异，舒肝和胃丸偏向于行气止痛，而舒肝健胃丸偏向于消食导滞。
患者自行用药前，应根据自己的症状表现，选择适合自己的药物治疗。如果自己不能判断，可以提前咨询专业的医师或药师。患者用药期间，注意观察自身的服药情况，如果症状不见缓解，或者症状加重，或者出现新的严重症状，应到医院就诊。