夹腿综合征的病因可能与局部疾病、心理因素等有关。
1、局部疾病：男性儿童出现包皮炎，或者包皮垢较多，刺激患儿进行搔抓，在搔抓过程中出现阴茎摩擦，诱发快感的产生，从而引起夹腿综合征；女性儿童出现外阴炎或阴道炎，也会在搔抓的过程中诱导敏感器官产生快感，从而引起夹腿综合征。这类患儿都可以通过泌尿外科或小儿妇科的治疗来缓解症状。
2、心理因素：部分儿童存在注意力缺陷的问题，会在玩耍的过程中将注意力转移到其他地方，出现抠手指等行为，可能会无意间触摸到性器官，诱发性快感，从而导致夹腿综合征。对于这类患儿，应该系统检查其有无注意力缺陷的问题，并积极进行治疗，也可以缓解症状。