加味逍遥胶囊含有白芍，根据中药“十八反”的合用禁忌，不宜与藜芦及含有藜芦的制品合用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸等。本品含有甘草，不宜与海藻、大戟、甘遂、芫花及含有这些药物的制品合用，如乳癖消片、祛痰止咳颗粒、宫炎康颗粒等。
另外，本品与红霉素、异烟肼、硝酸甘油、多索茶碱合用会影响药物疗效；与磺胺嘧啶、复方磺胺甲噁唑等磺胺类药物、阿司匹林、噻嗪类利尿剂（如呋塞米、氢氯噻嗪）、地高辛等强心药、华法林等药物合用会增加副作用或产生毒性，患者需警惕。本品与其他药物也可能会发生相互作用，因此患者在使用本品前需要将自己的用药情况告诉医生，或用药期间需要合用其他药物时，也要提前咨询医生，以降低合并用药风险。