一般来说可以这么使用硝酸毛果芸香碱滴眼液：患者用药前将双手洗净，轻摇药瓶，均匀药液；一只手将下眼睑翻开，眼睛向上转，这样可以将眼睛下穹窿部暴露；将眼药水滴入下眼睑内，滴眼后需用手指压迫泪囊部1-2分钟；结束滴眼后将瓶盖拧紧，滴眼液置于阴凉处，以免被污染。整个用药过程中，患者应该注意避免瓶口接触到眼睑、睫毛、手部或其他部位，以免污染药液。
患者应严格按照医生规定的用法和用量来使用硝酸毛果芸香碱滴眼液，切勿过量使用。由于大部分患者瞳孔缩小，会出现暗适应困难，因此患者如果在夜间开车或从事照明不好的危险职业时要特别小心。
临床上，硝酸毛果芸香碱滴眼液用于治疗急性闭角型青光眼、慢性闭角型青光眼、开角型青光眼、继发性青光眼等。本品可与其他缩瞳剂、β受体阻滞剂、碳酸酐酶抑制剂、拟交感神经药物、高渗脱水剂联合用于治疗青光眼。患者经过医生检查后，可用本品滴眼缩瞳以抵消睫状肌麻痹剂或扩瞳药的作用。