不同类型的胆脂瘤，发病原因也不同。
一、如果是外耳道胆脂瘤，可能是外耳道皮肤受损或者发生炎症后，增生的基底鳞状细胞脱落，并发生堆积所导致。
二、如果是颅内胆脂瘤，可能是在神经根闭合期间，外胚层细胞的移行出现异常所导致。一般情况下，在胚胎发育的第3~4周，如果原始上皮细胞包埋于神经管内，则会形成颅内胆脂瘤。
三、如果是中耳胆脂瘤，则有以下几种情况:
- 1、如果是先天性胆脂瘤，可能是胚胎期的外胚层组织遗留于颅骨中所导致。此种胆脂瘤可能在出生时便存在，但通常在婴儿期或者儿童早期才被诊断出来。
- 2、如果是后天原发性胆脂瘤，根据囊袋学说，此种胆脂瘤可能是咽鼓管阻塞、咽鼓管内陷并形成囊袋所导致。此外，根据基底细胞增殖学说，此种胆脂瘤可能是鼓膜松弛部的上皮增殖形成上皮小柱后，破坏基底膜，并伸入上皮下组织所导致。
- 3、如果是后天继发性胆脂瘤，一般继发于慢性中耳炎，也可能是外耳道胆脂瘤侵入中耳所导致。慢性中耳炎可能导致患者的鼓膜出现大穿孔或者边缘性穿孔，随后复层鳞状细胞上皮会从穿孔的边缘向内生长，从而形成后鼓室胆脂瘤、上鼓室胆脂瘤、鼓窦胆脂瘤等。此外，根据化生学说，此种胆脂瘤可能是中耳上皮组织被炎症刺激后，化生成角化鳞状上皮所导致。
