食管裂孔疝手术通常在腹腔镜下进行，包括食管裂孔疝修补手术和Nissen手术（胃底折叠术）。部分患者的肠、胃、大网膜等腹腔内容物，可能会疝入到胸腔内，需要在腹腔镜下将疝囊拉回到腹腔，并对食管裂孔进行缝合，必要时还需要使用人工材料生物补片对食管裂孔进行修补，同时进行胃底折叠术，防止胃食管反流。部分患者是先天性短食管，还需要将一段胃壁作为人工食管，在胃底绕行一圈，然后修补食管裂孔，并进行Nissen手术（胃底折叠术）。
食管裂孔疝修复后仍然存在复发的可能性，比如暴饮暴食、剧烈呕吐，或者肌肉张力过大，都可能会导致食管裂孔疝复发，患者应注意预防。
