复方氨基酸胶囊适用于各种疾病所致的低蛋白血症的辅助治疗，如慢性肝病，肝硬化或肾病所致的低蛋白症，外科手术后或恶性肿瘤所致负氮平衡和低蛋白血症，补充膳食中的维生素摄入的不足。但并不是所有人都适合接受复方氨基酸胶囊的治疗，比如对本品任意成分过敏的患者不可服用。还有，孕妇及哺乳期妇女应该在医生的指导下谨慎服用本品。
患者服用复方氨基酸胶囊期间，不建议患者自行合用其他药物，如果需要使用其他药，最好先咨询一下医生，以减少用药风险。患者每次使用本品完毕后，应该将药物放在儿童接触不到的地方，以免儿童误服。患者如在用药期间出现任何严重、持续或进展性的症状，应及时就医。