阴道囊肿可通过以下方式检查出来：

1、妇科查体：医生使用窥器观察阴道壁四周的情况，检查有无突起的部分。阴道囊肿常常向阴道腔内突起，可以通过妇科查体发现。小的阴道囊肿可能观察不清，但可以触摸到囊性的肿物。

2、超声检查：阴道囊肿可以通过B超检查出来。比如通过经阴道超声、经会阴超声发现阴道壁囊肿，了解囊肿的位置、大小、周围有无血流信号等。