先天性眼肌麻痹的治疗，主要与是否明确原发病有关。

1、如果已经明确原发病，应该针对病因进行治疗。例如，有歪头视物习惯的患者，需要明确有无影响胸锁乳突肌或者脊柱发育的情况，并在相应科室进行治疗。

2、如果没有明确原发病，或者在治疗原发病后，仍然存在眼肌麻痹，应该由眼科医生进行手术治疗。需要注意的是，手术治疗并不是治疗患者的眼肌麻痹，而是通过斜视手术，来改善患者的眼位。此外，部分伴有明显屈光不正的患者，还需要进行配镜治疗。