如果是早产儿，或者是具有发生眼底疾病高危因素的新生儿，一般在出生后4~6周，或者矫正胎龄的32周左右进行首次眼底筛查，而随后的眼底筛查，要根据初次筛查的结果而定。需要注意的是，如果是足月，且没有发生眼底疾病高危因素的新生儿，通常不用进行专门的眼底筛查。

临床上，眼科医生一般会用眼底镜进行眼底检查。眼底镜包括直接眼底镜、间接眼底镜，间接眼底镜的检查范围更加广泛，而直接眼底镜的放大倍率较高，可以更清晰的观察眼底情况，在某些情况下二者也可以结合使用。

在部分大型医院，眼科医生会使用RetCam（眼底照相机）等设备进行眼底检查。此外，对于有眼病或者全身疾病的新生儿，还要进行其他特殊的检查项目，如眼部超声波检查、眼底照相检查、眼底OCT（光学相干断层扫描）检查、眼部血管造影检查等。