新生儿眼底筛查主要是检查新生儿的视网膜有无出血或脱离、视网膜血管有无发育异常，或者视盘、黄斑等眼底部位有无异常。此外，在进行眼底筛查时，还可以发现视网膜母细胞瘤等恶性肿瘤，或者晶状体、角膜等部位的病变。
临床上，一般通过眼底检查来进行新生儿眼底筛查。眼科医生一般会用眼底镜进行眼底检查。眼底镜包括直接眼底镜、间接眼底镜，间接眼底镜的检查范围更加广泛，而直接眼底镜的放大倍率较高，可以更清晰的观察眼底情况，在某些情况下二者也可以结合使用。
在部分大型医院，眼科医生会使用RetCam（眼底照相机）等设备进行眼底检查。此外，对于有眼病或者全身疾病的新生儿，还要进行其他特殊的检查项目，如眼部超声波检查、眼底照相检查、眼底OCT（光学相干断层扫描）检查、眼部血管造影检查等。
