肛门脓肿的临床分类不同，症状表现也不同。根据脓肿距离肛门口远近和解剖位置的不同，可分为以下几类，即肛门周围皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、括约肌间脓肿、肛提肌上方脓肿、直肠黏膜下脓肿等。
1、通常越靠近肛门口，局部症状就越严重，常见症状包括局部红、肿、热、痛，坐骨直肠窝脓肿等。肛门脓肿属于急性化脓性感染，所以红肿表现较明显，触之皮温升高；又因该处为痛觉敏感区，所以疼痛症状较明显。此外，炎症反应还可引起发热、寒战等全身症状。
2、如果发病位置较高，比如肛提肌上方脓肿等，患者的红、肿、热、痛等局部症状相对较轻，但寒战、发热、出汗等全身中毒症状会比较严重。
3、如果是直肠黏膜下脓肿，还可能发生破溃，肛门处可有脓液流出，还可伴随乏力等全身症状。
