肛门脓肿可由肛隐窝感染、外伤、炎症性肠病、肠结核或艾滋病等引起。

1、肛门脓肿绝大多是由于肛隐窝感染所致，肛隐窝从外形上看，类似开口朝上的口袋，粪便容易残留于此，加之某些青壮年肛腺较发达，若发生炎症后，感染易蔓延至肛门直肠周围的间隙，从而引起肛门脓肿。

2、少部分肛门周围脓肿是由于外伤（比如钝器、锐器损伤）、炎症性肠病（比如克罗恩病、溃疡性结肠炎）、肠结核或艾滋病等引起。