肠结核是由人型或牛型结核分枝杆菌感染肠道，而引起的慢性特异性感染。
一、人型结核分枝杆菌感染
肠结核主要由人型结核分枝杆菌引起，可通过三种途径到达肠道，引起感染。
1、多数患肺结核等原发性疾病，因吞咽含菌痰液，导致人型结核分枝杆菌侵犯肠管，最容易侵犯的部位是回盲部，从而形成肠结核。
2、肺结核患者的结核杆菌也可通过血行播散到达肠道，侵犯肠管，并形成肠结核。
3、腹腔脏器结核患者，其结核杆菌可通过直接浸润侵犯肠道，从而形成肠结核。
二、牛型结核分枝杆菌感染
部分肠结核还可因牛型结核分枝杆菌感染引起，比如饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品，导致牛型结核分枝杆菌侵犯肠管，最终形成肠结核，但较为少见。