肠结核主要感染途径是消化道，此外，还有血行途径和直接侵犯。

1、消化道途径

因回盲部血运比较丰富，肠壁也比较薄，肠内容物在回盲部停留的时间比较长，所以肠结核大多发生在回盲部。结核杆菌可经口传染，比如肺结核患者吞咽含结核杆菌的痰液，可造成肠道感染。此外，误食被结核杆菌污染的食物，也可能导致肠结核的发生。

2、血行途径

肺结核等肠外结核患者，其结核杆菌可通过血行播散至肠道，到达血运比较丰富的回盲部进行繁殖，从而引起肠结核。

3、直接侵犯

腹腔脏器的结核病灶通过直接蔓延，侵犯肠道，最终导致肠结核。