肠结核的好发部位在回盲部，此外，小肠、其他部位的结直肠等也可发生肠结核。

肠结核患者出现腹痛，一般是在右下腹回盲部。因为回盲部肠腔比较大，而且该部位是小肠和大肠交接的地方，小肠里的肠内容物到回盲部以后，会先停留较长时间，然后进行水分的吸收。如果含有结核杆菌，就容易侵犯肠黏膜，形成肠结核。

除了回盲部以外，其他肠道也可发生结核，包括小肠、其他部位的结直肠等。如果结核杆菌通过肠壁到达腹腔，还可形成结核性的腹膜炎。