肠结核主要通过病史、体格检查，以及内镜检查、病理检查、病原体检查、血液化验、影像学检查等辅助检查，进行诊断。
1、首先要询问病史，明确患者有无肺结核病史，有无不良饮食史等。
2、进行腹部的查体，通过触诊、叩诊、听诊等方式，判断患者有无右下腹或其他部位的压痛，有无反跳痛，腹部有无包块等。
3、还需进行内镜检查，最常用的是结肠镜，通过结肠镜观察全结肠，甚至通过回盲部，到达末端回肠，观察局部是否有病变。
4、部分患者易与克罗恩病等混淆，可在内镜辅助下，在病灶处取活检进行病理检查，以明确诊断。
5、进行病原体检查，确定有无结核杆菌。
6、可通过血液化验，确定有无贫血或水电解质紊乱等。
7、还可进行影像学检查，通过腹平片，观察有无肠梗阻；进行CT检查，确定有无腹腔积液或其他腹腔占位，腹部或回盲部有无局部改变等。
