肠镜通常可以查出肠结核，但是确诊需要综合考虑，不能仅依靠肠镜检查。肠结核好发部位在回盲部。如果通过肠镜检查，到达回盲部，可能发现局部病变，通常具有三种类型，即增生型、溃疡型、混合型。所以，肠镜检查对肠结核的诊断非常重要，是诊断和鉴别诊断的重要手段。
在发现局部病变后，还需要在病灶处取活检进行病理检查，以排除肿瘤病变。此外，还要做病原体检查，确定有无结核分枝杆菌，若检测结果为阳性，即可初步诊断。
综上，肠结核需要借助X线、CT、磁共振等影像学检查，并结合病史、体格检查、肠镜检查、肠镜下病理检查和病原体检查结果，进行综合分析后，方可确立诊断。
