肠结核的治疗主要包括内科治疗、外科治疗两部分。
1、内科治疗：肠结核是由结核分枝杆菌感染而引起的传染病，确诊后首先应该用抗结核药物治疗。提倡早期、全程、联合、适量、规律等原则，常用药物包括链霉素、异烟肼、利福平等。通常治疗2~3个星期左右，即可取得一定的效果。
2、外科治疗：如果抗结核治疗无效，或者已经出现肠道穿孔、肠道梗阻、肠道包块等外科并发症，可能需要进行外科手术，进行肠段的切除再吻合。若穿孔发生较早，也可进行肠道的缝合修补。但是因为肠结核属于慢性特异性感染，修补失败率较高，所以大部分患者需要通过肠部分切除再吻合手段，进行治疗。
