复方百部止咳颗粒一般用于肺热咳嗽，痰黄粘稠，百日咳。以下为本品的合用禁忌：
1、本品含有甘草，不宜与海藻、大戟、甘遂、芫花及含有这些药物的制品合用，如乳癖消片、祛痰止咳颗粒、宫炎康颗粒等。甘草也不宜与噻嗪类利尿剂（如呋塞米、氢氯噻嗪）、阿司匹林、奎宁、麻黄素等合用。
2、本品含有生物碱类中药黄芩，不宜与生物碱类西药（士的宁、阿托品、麻黄素等）、碱性较强的西药（碳酸氢钠）、酶制剂（胃蛋白酶、乳酶生、胰酶、多酶片、淀粉酶）、金属盐类（碳酸钙、氯化钾、硫酸亚铁、次碳酸铋、枸橼酸铁铵糖浆等）、碘及碘化物（碘化钾、碘化钠、碘喉片）等配伍使用。
本品与其他药物合用也可能会发生药物相互作用，因此服药期间请患者不要自行合用其他药物，如必须合用，请先咨询医生。