已知对埃索美拉唑、其它苯并咪唑类化合物、艾司奥美拉唑肠溶胶囊中任何其他成份过敏的患者，禁止服用艾司奥美拉唑肠溶胶囊。还有，使用同类药物埃索美拉唑镁后曾经出现了过敏反应，如血管性水肿和过敏性休克的患者，也不能服用艾司奥美拉唑肠溶胶囊。由于本品含有蔗糖，所以伴有见的遗传性疾病，如果糖耐受不良、葡萄糖-半乳糖吸收障碍或蔗糖酶-异麦芽糖酶不足的患者，不应该服用本品。
妊娠期妇女服用艾司奥美拉唑肠溶胶囊的安全性尚未确定，因此这些人群服用本品前请咨询医生，并在医生的指导下谨慎服用。哺乳期妇女使用本品时应暂停哺乳，或者哺乳期间不应使用本品，以免对乳儿造成损伤。
需要注意的是，部分患者服用本品后可减轻恶性肿瘤的症状。为了不延误病情，当患者怀疑有胃溃疡或已患有胃溃疡时，应首先咨询医生并排除恶性肿瘤。