复方鱼腥草糖浆一般用于外感风热引起的咽喉疼痛及西医上的急性咽炎、急性扁桃体炎属风热证者。以下为本品的禁忌：
1、本品药性寒凉，有一定的泻利作用，孕妇应谨慎服用，以减少对胎儿的不良影响。
2、本品含有鱼腥草、黄芩、板蓝根等中药成分，对本品成分过敏者禁用，首次服用或过敏体质者，用药后如出现皮疹、瘙痒或药物热等过敏症状，应及时咨询医生或就医。
3、儿童发育不完善对药物常用剂量敏感，应在医师指导下服用。
4、本品有一定刺激肠胃的作用，脾虚大便稀不成形者慎用。
5、中医辩证属风寒感冒咽痛者慎用本品，具体可表现为怕冷重发热轻、无汗、鼻流清涕等。
6、扁桃体有化脓及全身高热者应去医院就诊。
7、本品含蔗糖较多，糖尿病患者禁止服用。