非典型鳞状上皮细胞是否会自己消失，主要与其病因有关。

1、如果是宫颈炎症所导致的非典型鳞状上皮细胞，可能会自己消失。如果患者的抵抗力比较好，其宫颈上的炎症可能逐渐消退，随后非典型鳞状上皮细胞的形态可能自行恢复正常。

2、如果是宫颈上皮内瘤变等原因所导致的非典型鳞状上皮细胞，可能不会自己消失。

需要注意的是，一旦检查出非典型鳞状上皮细胞，不要寄希望于自己消失，应该及时到医院就诊，医生会通过相关检查明确病因，并根据具体情况进行针对性治疗。