巧克力囊肿穿刺是一种保守治疗子宫内膜异位囊肿的方法，且并不是所有的巧克力囊肿都适合穿刺。如果是复发的巧克力囊肿，且患者有生育要求，或者是不能进行手术的巧克力囊肿，则可以进行穿刺。此外，部分巧克力囊肿穿刺是手术前的准备，即患者会先进行暂时性的穿刺，然后进行GnRH-a（ 促性腺激素释放激素激动剂）治疗，并在2~3个月后，手术难度下降时再进行手术。
在对巧克力囊肿进行穿刺时，会抽出囊肿内的液体，并对这种液体进行细胞学检查或者细菌培养。此外，医生还会根据具体情况，向囊肿内注射硬化剂，从而降低巧克力囊肿复发的风险。
临床上，巧克力囊肿的学名叫做子宫内膜异位囊肿，且特指的是卵巢上的子宫内膜异位囊肿。巧克力囊肿是有活性的子宫内膜在卵巢上种植所导致，囊肿中其实是咖啡色的陈旧血液，由于看起来像融化的巧克力，所以称之为巧克力囊肿。