巧克力囊肿穿刺有损伤周围组织、继发感染、导致肿瘤播散等危害。
1、损伤周围组织。一般情况下，巧克力囊肿可能与周围的肠管、血管发生粘连，所以在穿刺时可能损伤肠管，而穿刺到血管时，还可能引发出血。
2、继发感染。如果巧克力囊肿的位置特别低，一般需要从阴道后穹窿穿刺，由于阴道内有很多细菌，所以自下而上的穿刺可能继发感染。
3、导致肿瘤播散。临床上，在对巧克力囊肿进行穿刺前，医生会先进行影像学检查、肿瘤标记物检查，并在排除恶性证据后再进行穿刺。但是，万一肿瘤为恶性，穿刺后可能导致肿瘤发生播散。
巧克力囊肿实际上就是卵巢上的子宫内膜异位囊肿，也就是有活性的子宫内膜异位到卵巢上所形成的囊肿。临床上，绝大多数的巧克力囊肿都可以通过手术来治疗，只有一些比较特殊的情况才可以用穿刺来解决。
例如：复发的巧克力囊肿，且患者有生育要求；初发的巧克力囊肿，但患者的卵巢功能很差，且有生育要求，都可以进行穿刺。此外，手术难度较大的巧克力囊肿，可以进行暂时性穿刺，并结合GnRH-a（促性腺激素释放激素激动剂）治疗，待手术难度降低后再手术；继发感染的巧克力囊肿，可以通过穿刺抽取脓液，并结合抗生素治疗，待炎症消退后再手术。
