布加综合征可导致进行性的损害，如果不治疗，通常无法自愈，预后相对较差，会严重损害机体健康，甚至造成死亡。
布加综合征的自然病程主要取决于病变部位、病变程度。例如，肝段下腔静脉堵塞引起者，病程可能较长；肝静脉阻塞引起者，一般发病较快，病程较短。病程不同，疾病的发展情况也存在一定差异。
1、病程较短者，比如急性发作的布加综合征，病情严重，严重者可能在数周内发生门脉高压、消化道出血、肝性脑病等，甚至导致死亡。
2、病程较长者，比如局部血栓形成，缓慢形成血管狭窄引起的布加综合征，病情通常发展较慢，可持续十年或数十年，但患者可能会逐渐出现淤血性肝硬化、肝功能衰竭、肝性脑病、肝肾综合征以及肝昏迷等病变，严重危害健康。
因此，建议布加综合征患者及时到血管外科就诊，在医生的指导下，根据病情选择合适方法治疗，以获得较好治疗效果，避免不良情况发生。
