大部分患者感染衣原体后，通过积极治疗，效果是比较好的。部分患者进行治疗后，效果可能会比较差，其原因主要有以下三种：

1、衣原体产生一定的耐药性，就会导致药物治疗的效果比较差。

2、衣原体处于生命周期的某种状态，对药物不敏感，也会导致治疗效果比较差。

3、如果夫妻双方仅有一人进行治疗，治疗后仍可能会再次感染衣原体，就会导致治疗效果比较差。因此，夫妻双方要同时进行衣原体感染治疗，防止再次传染。