男人阴茎短的原因主要包括以下几种：
1、阴茎的发育与遗传因素有关，所以，阴茎的长度存在个体差异，有些男性的阴茎可能比较短。
2、一些先天性疾病也可能影响阴茎的长度。比如先天性性腺功能低下患者，由于性激素分泌不足，可能造成阴茎比较短小，甚至有的与儿童的阴茎一样幼稚，没有发育。
3、此外，尿道下裂、尿道上裂等尿道发育异常，常伴随阴茎的发育异常，可能导致阴茎短小。
大多数男性的阴茎发育可能都属于正常的范围，且一般认为阴茎勃起后的长度超过8厘米，就能够正常的进行性生活，就属于正常的长度。当男性怀疑阴茎短小时，需在医生的指导下进行正确判断，避免盲目的比较、自卑。