三部,作为中医术语首见于《内经》。
《内经》中,“三部”一词所指有二,一见于《灵枢·百病始生》篇,将百病起因归结为伤脏、伤上、伤下三者,而将所伤之脏、上、下称为“三部”。杨上善注曰：“湿从地起,雨从上下,其性虽同,生病有异。寒生于外,清发于内,性是一物,起有内外,所病亦有不同”（《太素·邪传》卷二十七）。相同性质的邪气,经由上下、内外的不同部位感受,所发之病便即有别。说明分部辨病因之法颇有其重要价值。后世对此三部病因说的解读更趋明晰,如张介宾：“百病始生无非外感内伤,而复有上中下之分也,喜怒不节,五志病也,内伤于脏,故起于阴,清湿袭虚,阴邪之在表也,故起于下,风雨袭虚,阳邪之在表也,故起于上,受病之始,只此三部”（《类经·疾病类·二》卷十三）。
《素问·三部九候论》中“三部”亦属对人体部位的划分,但其具体的分部方法及理论意义则有所不同：此篇是以“三”之数,对人体上、中、下的不同部位进行划分。再经“三之”,得天地之至数“九”,以诊治百病,判断生死。基于“天人相应”的思想,三九候成为执天地之道以验于人的诊断方法。
《素问·三部九候论》篇,论述的三部九候脉诊法,主要凭头面、手足等不同部位的脉动情况,来诊断不同部位或相应脏腑的功能状态。自王冰对此九候之脉位详加注释后,历代医家多遵从之。但后世袭用的三部九候脉诊法并非来源于此,而是源出《难经》。《难经》将寸口脉一分为三,以寸关尺为三部,并以三部浮中沉的脉位变化合为九候。此虽名曰三部九候,其实为独诊寸口法,与《内经》三部九候之说截然不同。后世医家在运用脉诊法时,多从《难经》。
《灵枢·天年》中亦提及“三部”一词：“使道隧以长,基墙高以方,通调营卫,三部三里起,骨高肉满,百岁乃得终。”其中三部,杨上善以为“三焦”,马莳以为面之三部（即三亭）,张志聪以为人身之上中下,其具体所指不甚明了,但其基本含义仍是针对一整体所作的三部类分。
