五行生克的临床意义在于可以说明五脏之间的生理联系、说明五脏病变的相互影响、推断病情的轻重顺逆、控制疾病的传变、确定治则治法、指导针灸取穴、指导情志疾病的治疗。
1、说明五脏之间的生理联系
五脏的功能活动不是孤立的，而是互相联系的。运用五行生克理论可以说明脏腑生理功能的内在联系，即五脏之间存在着既相互资生又相互制约的关系。
（1）以五行相生说明五脏之间的资生关系：肝生心即木生火，如肝藏血以济心，肝之疏泄以助心行血；心生脾即火生土，如心阳温煦脾土，助脾运化；脾生肺即土生金，如脾气运化，化气以充肺；肺生肾即金生水，如肺之精津下行以滋肾精，肺气肃降以助肾纳气；肾生肝即水生木，如肾藏精以滋养肝血，肾阴资助肝阴以防肝阳上亢。
（2）以五行相克说明五脏之间的制约关系：肾制约心即水克火，如肾水上济于心，可以防止心火之亢烈；心制约肺即火克金，如心火之阳热，可以抑制肺气清肃太过；肺制约肝即金克木，如肺气清肃，可以抑制肝阳的上亢；肝制约脾即木克土，如肝气条达，可疏泄脾气之壅滞；脾制约肾即土克水，如脾气之运化水液，可防肾水泛滥。
2、说明五脏病变的相互影响
（1）相生关系的传变：包括“母病及子”和“子病及母”两个方面。母病及子，即母脏之病传及子脏。如肾属水，肝属木，水能生木，故肾为母脏，肝为子脏。肾病及肝，即属母病及子。子病及母，是指疾病的传变，从子脏传及母脏。如肝属木，心属火，木能生火，故肝为母脏，心为子脏。心病及肝，即是子病及母。
（2）相克关系的传变：包括“相乘”和“相侮”。相乘，是相克太过致病，原因有两个，一是某脏过盛，而致其所胜之脏受到过分克伐；二是某脏过弱，不能耐受其所不胜之脏的正常克制，从而出现相对克伐太过。相侮，是反向克制致病，形成原因亦有两种，一是某脏过于亢盛，导致其所不胜无力克制而反被克的现象；二是某脏虚损，导致其所胜之脏出现反克的现象。
3、推断病情的轻重顺逆
由于内脏疾病及其相互关系的异常变化，皆可从面部色泽的变化中表现出来。因此，可以根据“主色”和“客色”的变化，以五行的生克关系为基础，来推测病情的顺逆。“主色”是指五脏的本色，“客色”为应时之色。“主色”胜“客色”，其病为逆；反之，“客色”胜“主色”，其病为顺。
4、控制疾病的传变
根据五行生克乘侮理论，五脏中一脏有病，可以传及其他四脏而发生传变。如肝有病可以影响到心、肺、脾、肾等脏，心、肺、脾、肾有病也可以影响肝脏。不同脏腑的病变，其传变规律不同。因此，临床治疗时除对所病本脏进行治疗之外，还要依据其传变规律，治疗其他脏腑，以防止其传变。
5、确定治则治法
（1）依据五行相生规律确定治则和治法：基本治疗原则是补母和泻子，即“虚则补其母，实则泻其子”（《难经·六十九难》）。 补母，是指一脏之虚证，不仅须补益本脏以使之恢复，同时还要依据五行相生的次序，补益其“母脏”，通过“相生”作用而促其恢复。补母适用于母子关系的虚证。泻子，是指一脏之实证，不仅须泻除本脏亢盛之气，同时还可依据五行相生的次序，泻其“子脏”，通过“气舍于其所生”的机理，以泻除其“母脏”的亢盛之气。泻子适用于母子关系的实证。
（2）依据五行相克规律确定治则和治法：人体五脏相克关系异常而出现的相乘、相侮等病理变化的原因，不外乎“太过”和“不及”两个方面。“太过”者属强，表现为机能亢进；“不及”者属弱，表现为机能衰退。因而治疗上须同时采取抑强扶弱的治疗原则，并侧重于制其强盛，使弱者易于恢复。依据五行相克规律确定的治法，常用的有抑木扶土法、培土制水法、佐金平木法和泻南补北法四种。
6、指导针灸取穴
在针灸疗法中，针灸学家将手足十二经近手足末端的井、荥、输、经、合“五输穴”，分别配属于木、火、土、金、水五行。在治疗脏腑病证时，根据不同的病情以五行的生克规律进行选穴治疗。如治疗肝虚证时，根据“虚则补其母”的原则，取肾经的合穴（水穴）阴谷，或本经合穴（水穴）曲泉进行治疗。若治疗肝实证，根据“实则泻其子”的原则，取心经荥穴（火穴）少府，或本经荥穴（火穴）行间治疗，以达到补虚泻实，恢复脏腑正常功能之效。
7、指导情志疾病的治疗
人的情志活动，属五脏功能之一，而情志活动异常，又会损伤相应内脏。由于五脏之间存在相生相克的关系，故人的情志变化也有相互抑制作用。临床上可以运用不同情志变化的相互抑制关系来达到治疗目的。如“怒伤肝，悲胜怒……喜伤心，恐胜喜……思伤脾，怒胜思……忧伤肺，喜胜忧……恐伤肾，思胜恐”（《素问·阴阳应象大论》）。
